基于规则的系统的可聚合性抽象
计算工程、金融与科学
2010-11-03 v1
摘要
信号通路的诱导特征在于瞬态复合物的形成和蛋白质的相互翻译后修饰。在数学模型中忠实地捕获这一组合过程是系统生物学中的一个重要挑战。利用大多数结合和修饰事件所依赖的有限上下文，研究人员已经尝试通过将可达分子物种集合商化为物种聚合体来降低组合复杂性，同时保留热力学极限的确定性语义。最近，我们提出了一种商化方法，它同样保留了随机语义，并且在个体物种的语义可以从聚合语义中恢复的意义上是完备的。在本文中，我们证明了这种商化产生了弱可聚合性的充分条件，并且它在原始和聚合转移系统之间产生了一种后向马尔可夫互模拟。我们通过 EGF/胰岛素受体串扰的案例研究来说明该框架。
引用
@article{arxiv.1011.0496,
title = {Lumpability Abstractions of Rule-based Systems},
author = {Jerome Feret and Thomas Henzinger and Heinz Koeppl and Tatjana Petrov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1011.0496},
year = {2010}
}
备注
In Proceedings MeCBIC 2010, arXiv:1011.0051