计算生物学中一类匹配问题的拉格朗日方法
定量方法
2007-05-23 v1
摘要
本文提出了高效算法，用于解决将蛋白质结构模板比对到查询氨基酸序列的问题，即已知的蛋白质穿线问题。我们将该问题视为图匹配问题的一个特例。我们给出了该问题的形式化图模型与整数规划模型。在研究了这些模型的性质后，我们提出了两种拉格朗日松弛方法来求解它们。我们给出了在真实实例上的实验结果，显示了我们方法的高效性。
引用
@article{arxiv.q-bio/0609001,
title = {Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology},
author = {Nicola Yanev and Rumen Andonov and Philippe Veber and Stefan Balev},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0609001},
year = {2007}
}