KATKA：一种在查询时给定 $k$ 的类 KRAKEN 工具
数据结构与算法
2022-08-23 v2
摘要
我们描述了一种新工具 KATKA，它存储系统发育树 ，使得之后给定模式 与整数 时，能快速返回 的最小子树的根，该子树包含所有出现 -mer 的基因组，其中 。这与 KRAKEN 的功能类似，但 是在查询时给定而非构建时给定。
引用
@article{arxiv.2206.06053,
title = {KATKA: A KRAKEN-like tool with $k$ given at query time},
author = {Travis Gagie and Sana Kashgouli and Ben Langmead},
journal= {arXiv preprint arXiv:2206.06053},
year = {2022}
}