IsoDOT 以高灵敏度和特异性检测关于分类或连续协变量的差异 RNA 异构体表达/使用
应用统计
2014-10-30 v2 定量方法
统计方法学
摘要
我们开发了一种名为 IsoDOT 的统计方法，用于利用 RNA-seq 数据评估差异异构体表达 (DIE) 和差异异构体使用 (DIU)。此处异构体使用是指在对应基因总表达量给定的情况下的相对异构体表达量。IsoDOT 执行两项现有方法无法完成的任务：针对连续协变量测试 DIE/DIU，以及针对单病例对单对照测试 DIE/DIU。后一种任务在实践中并不罕见，例如比较一个个体的父源和母源等位基因，或比较一位癌症患者的肿瘤和正常样本。模拟研究证明了 IsoDOT 具有高灵敏度和特异性。我们将 IsoDOT 应用于研究氟哌啶醇治疗对小鼠转录组的影响，并识别出一组其异构体使用对氟哌啶醇治疗有响应的基因。
引用
@article{arxiv.1402.0136,
title = {IsoDOT Detects Differential RNA-isoform Expression/Usage with respect to a Categorical or Continuous Covariate with High Sensitivity and Specificity},
author = {Wei Sun and Yufeng Liu and James J. Crowley and Ting-Huei Chen and Hua Zhou and Haitao Chu and Shunping Huang and Pei-Fen Kuan and Yuan Li and Darla Miller and Ginger Shaw and Yichao Wu and Vasyl Zhabotynsky and Leonard McMillan and Fei Zou and Patrick F. Sullivan and Fernando Pardo-Manuel de Villena},
journal= {arXiv preprint arXiv:1402.0136},
year = {2014}
}