无需聚类即可实现亚 OTU 分辨率的 16S 宏基因组数据解读
定量方法
2015-01-30 v2 基因组学
摘要
分析 16S 标签序列数据的标准方法依赖于按序列相似性将读段聚类为操作分类单元（OTUs），这种方法未能充分利用现代测序技术的准确性。我们提出了一种针对多样本 Illumina 数据集的无聚类方法，该方法能够识别独立的细菌亚群，而不受其 16S 标签序列相似性的限制。利用来自人类舌微生物群纵向时间序列研究的已发表数据，我们能够在标准的 97% 相似性 OTU 内分辨出多达 20 个不同的亚群，这些亚群在生态上各不相同，但其 16S 标签的差异小至 1 个核苷酸（99.2% 相似性）。对两个共同居住个体的口腔群落进行比较分析显示，大多数此类亚群在两个群落之间以 100% 的序列同一性共享，并且一个宿主内亚群间的动态相似性强烈预测了另一宿主内相同亚群间的动态相似性。我们的方法也可应用于横断面研究收集的样本，并可与 454 测序平台配合使用。我们讨论了我们的方法所提供的亚 OTU 分辨率如何能为塑造群落组装的因素提供新的见解。
引用
@article{arxiv.1312.0570,
title = {Interpreting 16S metagenomic data without clustering to achieve sub-OTU resolution},
author = {Mikhail Tikhonov and Robert W. Leach and Ned S. Wingreen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1312.0570},
year = {2015}
}
备注
Updated to match the published version. 12 pages, 5 figures + supplement. Significantly revised for clarity, references added, results not changed