亚基结构对光捕获复合物寡聚状态的影响：一项自由能计算研究
生物物理
2007-05-23 v1 生物大分子
摘要
来自荚膜红螺菌(Rs.) molischianum和嗜酸红假单胞菌(Rps.) acidophila的光捕获复合物2(LH2)分别由八个或九个相同亚基形成环状复合物。在这里，我们通过计算研究哪些因素决定了不同的环大小。从晶体结构几何出发，我们将每个物种的两个亚基嵌入其天然的脂质双分子层/水环境中。利用带有伞形采样和定向分子动力学的分子动力学模拟，我们探测了沿两个反应坐标（两个亚基之间的角度和距离）的自由能谱。我们发现，根据物种的不同，两个亚基倾向于以明显不同的角度排列，Rs. molischianum约为42.5度，Rps. acidophila约为38.5度，这可能是导致组装成不同环大小的重要因素。我们的计算表明，跨膜结构域内的表面接触在约束这些角度方面起着关键作用，而稳定亚基二聚体的最强相互作用则存在于C端结构域，其次是N端结构域。所提出的计算方法为研究蛋白质复合物组装的因素提供了一个有希望的起点，特别是与遗传变体建模相结合时。
引用
@article{arxiv.physics/0504213,
title = {Influence of subunit structure on the oligomerization state of light harvesting complexes: a free energy calculation study},
author = {Lorant Janosi and Harindar Keer and Ioan Kosztin and Thorsten Ritz},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0504213},
year = {2007}
}
备注
28 pages, 7 figures, LaTeX2e - requires elsart.cls (included), submitted to Chemical Physics