从基因表达变异性的静态快照推断基因调控动态
分子网络
2024-08-09 v1 定量方法
摘要
从变量子集的静态快照推断复杂网络内的功能关系，是科学中一个普遍存在的问题。例如，系统生物学的一个关键挑战是将单细胞测序或流式细胞术实验获得的细胞异质性数据转化为调控动态。我们展示了当基因表达报告探针以其不同时间尺度上游动态时，如何利用基因表达共变性的静态群体快照严格推断基因表达动态的性质。这可在具有不等成熟时间荧光蛋白的双报告实验中得到实验利用，从而将一个实验缺陷转化为分析特征。我们推导出检测基因调控网络中闭环反馈调控存在的关联条件。此外，我们展示了如何根据共调控荧光蛋白的变异性识别具有细胞周期依赖转录率的基因。类似的关联约束可能在其他利用静态关联快照推断动态相互作用组分间因果关系的科学领域中有用。
引用
@article{arxiv.2109.00392,
title = {Inferring gene regulation dynamics from static snapshots of gene expression variability},
author = {Euan Joly-Smith and Zitong Jerry Wang and Andreas Hilfinger},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.00392},
year = {2024}
}