在代谢建模中整合表达数据：以乳酸脱氢酶为例的研究
亚细胞过程
2011-11-09 v1 定量方法
摘要
整合来自不同来源的生物信息以理解细胞过程，是系统生物学中的一个重要问题。我们利用 mRNA 表达阵列与化学动力学数据，构建与 K562 红白血病细胞相关的代谢模型。MAP 激酶通路激活改变了 K562 细胞中代谢酶的表达。我们的阵列数据显示，用佛波醇 12-肉豆蔻酸酯 13-乙酸酯（PMA）处理后，乳酸脱氢酶（LDH）同工型的表达发生变化，PMA 可激活 MAP 激酶信号。我们使用均乳酸发酵的非平衡化学动力学模型，对 MAP 激酶通路激活时发生的乳酸生成变化进行建模。我们尤其考察了催化丙酮酸转化为乳酸的 LDH 同工型的作用。同工型比例的变化并非乳酸生成的主要决定因素，而是 LDH 的总浓度控制乳酸浓度。
引用
@article{arxiv.q-bio/0511013,
title = {Incorporating expression data in metabolic modeling: a case study of lactate dehydrogenase},
author = {Joshua Downer and Joel R. Sevinsky and Natalie G. Ahn and Katheryn A. Resing and M. D. Betterton},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0511013},
year = {2011}
}
备注
In press, Journal of Theoretical Biology. 27 pages, 9 figures