基于计算机的基因组-基因组杂交值准确且精确地预测用于原核生物分类的经验DNA-DNA杂交值
基因组学
2012-02-24 v1
摘要
近50年来，微生物学家一直通过核酸复性动力学来确定原核生物的基因组相关性。然而，这些方法在技术上具有挑战性，难以重复，并且——考虑到生成单个数据点所需的时间和资源——成本效益不高。在后基因组时代，随着整个原核生物基因组测序成本不再成为限制因素，我们认为通过全基因组序列的成对比较来计算机预测传统DNA-DNA杂交实验的输出值是有价值的。虽然存在其他计算性全基因组分类方法，但它们预测的值与DNA-DNA杂交的值尺度差异很大，从而在定义微生物物种的多相方法中引入了另一个度量标准。我们的目标是开发一个基于BLAST的计算机模拟流程，能够高置信度地预测湿实验室DNA-DNA杂交的值。本文报告了一种方法，该方法产生的估计值在其旨在模拟的DNA-DNA杂交值方面既准确又精确。
引用
@article{arxiv.1202.5211,
title = {In Silico Genome-Genome Hybridization Values Accurately and Precisely Predict Empirical DNA-DNA Hybridization Values for Classifying Prokaryotes},
author = {Paul A. Muller and Slava S. Epstein},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.5211},
year = {2012}
}