ImageBox3：用于网页端遍历全切片图像的无服务器瓦片服务
定量方法
2022-07-07 v2 软件工程
图像与视频处理
摘要
全切片成像（WSI）已成为数字病理数据的主要模态。然而，由于这些图像的尺寸与高分辨率特性，通常仅能通过专用平台以较小区块或瓦片形式访问，其中多数需要大量配置和/或昂贵的基础设施。这些平台通常还需要图像副本供其本地使用，可能引发数据治理与溯源问题。为解决这些顾虑，我们开发了 ImageBox3，一种浏览器内瓦片机制，可实现远程 WSI 数据的零足迹遍历。所有计算均在客户端执行，且不损害用户治理权，只要存储服务支持 HTTP range 请求（云存储与多数 Web 服务器的标准），即可同样操作公开与私有图像。ImageBox3 由此消除了 WSI 操作与有效协作的重大障碍，使得建立参与式、FAIR 数字病理数据公地所需的民主化分析工具成为可能。可用性：代码 - https://github.com/episphere/imagebox3；图1（在线）- https://episphere.github.io/imagebox3/demo/scriptTag；图2（在线）- https://episphere.github.io/imagebox3/demo/serviceWorker；图3（在线）- https://observablehq.com/@prafulb/imagebox3-in-observable。
引用
@article{arxiv.2207.01734,
title = {ImageBox3: No-Server Tile Serving to Traverse Whole Slide Images on the Web},
author = {Praphulla MS Bhawsar and Erich Bremer and Máire A Duggan and Stephen Chanock and Montserrat Garcia-Closas and Joel Saltz and Jonas S Almeida},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.01734},
year = {2022}
}
备注
9 pages, 3 figures