面向低资源环境的组织片数字化工作流程再思考

组织片数字化正在成为远程诊断（远程会诊）、知识共享（教育）以及利用最先进的人工智能算法（增强/自动化临床工作流程）的关键。然而，数字多片高速明亮扫描仪、云/本地存储以及人员（IT 和技术人员）的累计成本，使得当前的组织片数字化工作流程难以及早获得，进一步扩大了健康差异；即使是单片手动扫描商业解决方案也昂贵，由于硬件要求（高分辨率相机、高规格 PC/工作站，以及仅支持高端显微镜）。本文提出了一种新的云端组织片数字化工作流程，通过上传来自廉价且低成本带内置相机的显微镜低质量视频，创建扫描质量的整片组织切片图像（WSI）。具体而言，我们提出了一种管道，用于在自动去模糊脱焦区域、将输入 10X 图像上采样到 40X 分辨率、以及减少亮度/对比度和光源照明变化的同时拼接 WSIs。我们在世界卫生组织声明的被忽视的疾病——皮肤皮鞭虫病（仅在全球最贫困地区普遍存在，仅由皮肤专科病理医生诊断，在贫困国家较少见）以及其他常见病态（乳腺、肝脏、十二指肠、胃和淋巴结组织切片）上测试了 WSIs 创建的有效性。代码和预训练模型将通过我们的 GitHub（https://github.com/nadeemlab/DeepLIIF）提供，云平台将在 https://deepliif.org 对上传显微镜视频和下载/查看带有可共享链接（无需登录）的 WSIs，以便进行远程诊断和知识共享。