基于 Root-Unifrac 与 Wishart 分布的可遗传微生物组群落识别
统计方法学
2018-06-08 v1
摘要
我们提出一种在输入为所有样本间成对相异矩阵时识别可遗传微生物组群落的方法。现有方法逐个分类单元处理，无法利用其系统发育关系。相反，我们的方法通过 root-Unifrac 在考虑系统发育的同时以成对相异度概括微生物组样本，从而关注群落遗传力。所得相异矩阵随后被转换为外积矩阵，并通过具有与单变量模型相同方差分量组的 Wishart 分布建模。直接对整个相异矩阵建模使我们能绕过任何降维步骤。我们工作的一个重要贡献是证明了此外积矩阵的正定性，从而确立了 Wishart 分布的适用性。模拟显示，该群落遗传力方法比现有方法具有更高功效来识别可遗传的分类单元组。文中还给出了 TwinsUK 数据集上的实证结果。
引用
@article{arxiv.1806.02430,
title = {Identifying Heritable Communities of Microbiome by Root-Unifrac and Wishart Distribution},
author = {Yunfan Tang and Dan Nicolae},
journal= {arXiv preprint arXiv:1806.02430},
year = {2018}
}