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IceCoder:使用变分自编码器识别分子模拟中的冰相

软凝聚态物质 2024-10-01 v1 化学物理 计算物理

摘要

由于冰的相空间复杂且多变,包含众多晶体和非晶形态,在分子模拟中识别和分类不同冰相是一项具有挑战性的任务。传统的序参数通常难以区分这些相,特别是在热涨落条件下。在本工作中,我们提出了一种新的基于机器学习的框架 IceCoder,它将变分自编码器(VAE)与 Smooth Overlap of Atomic Positions(SOAP)描述符相结合,以有效地对大量冰相进行分类。我们的方法使用 VAE 将高维 SOAP 向量压缩到二维潜在空间中,促进了各种冰相的可视化和区分。我们在通过分子动力学(MD)模拟生成的综合数据集上训练了该模型,并展示了其在分子水平上准确检测各种晶体冰相以及液态水的能力。IceCoder 为在模拟中跟踪冰相变提供了稳健且可泛化的工具,克服了传统方法的局限性。这种方法也可以推广到检测其他分子晶体中的多晶型物,从而为成核、生长和相变背后的微观机制提供新见解,同时保持计算效率。

关键词

引用

@article{arxiv.2409.19123,
  title  = {IceCoder: Identification of Ice phases in molecular simulation using variational autoencoder},
  author = {Dibyendu Maity and Suman Chakrabarty},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2409.19123},
  year   = {2024}
}

备注

36 pages, 8 figures