高度保守的序列特异性双链DNA结合网络在人源和黑人猴脑发育中的发生源基因组演化中起关键作用
基因组学
2025-12-30 v1 分子网络
种群与进化
摘要
报告了哺乳动物演化过程中，均匀且发育差异性的基因组调控网络特征，涵盖广泛表达的、在定性上几乎完全相同却在定量上存在差异的转录因子结合位点(TFBS)序列数组，这些序列对应716种转录因子。构成这些调控网络的绝大多数转录因子(716种中770种，98%)似乎共享着序列特异性双链DNA结合的常见基因本体(GO: 1990837)特征。在17,935个ATAC-seq定义的脑发育调控区域(BDRRs)的全基因组及单个染色体水平分析中，发现了这些调控网络TF constituents几乎普遍representations of TFBS，其TFBS密度在与黑人猴相比，现代人脑中数千个BDRRs中持续更高。转位元件(TE)，包括LTR/HERV、SINE/Alu、SVA和LINE家族，似乎承载并扩散所识别 herein高度保守的序列特异性双链DNA结合网络的全基因组共识调控节点，其TFBS面板的选择表现出individual chromosome-specific profiles and species-specific divergence patterns。总体而言，本论文报告的观察结果突显了人类基因组DNA序列由TE编码的先前未被认识的essential function在为高度保守的序列特异性双链DNA结合网络提供全基因组调控seed templates方面，likely contributing to continuing divergent genomic evolution of human and chimpanzee brain development.
引用
@article{arxiv.2409.07812,
title = {Highly conserved sequence-specific double-stranded DNA binding networks contributing to divergent genomic evolution of human and chimpanzee brain development},
author = {Gennadi Glinsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:2409.07812},
year = {2025}
}
备注
26 pages; 8 figures; 4 tables