使用 CUSHAW2 进行高速且准确的彩色空间短读段比对
基因组学
2013-04-18 v1
摘要
摘要：我们提出了 CUSHAW2 的扩展版本，用于快速且准确地比对 SOLiD 彩色空间短读段。我们的扩展引入了一种双重种子策略，通过结合最大精确匹配种子和源自局部比对的变长种子来提高比对灵敏度。我们通过将模拟和真实的彩色空间配对末端读段比对到人类基因组，比较了 CUSHAW2 与 SHRiMP2 和 BFAST 的性能。结果表明，与 SHRiMP2 和 BFAST 相比，CUSHAW2 实现了相当或更好的比对质量，同时速度快了一个数量级，且峰值驻留内存显著更小。可用性：CUSHAW2 和所有模拟数据集可在 http://cushaw2.sourceforge.net 获取。联系方式：[email protected]; [email protected]
引用
@article{arxiv.1304.4766,
title = {High-speed and accurate color-space short-read alignment with CUSHAW2},
author = {Yongchao Liu and Bernt Popp and Bertil Schmidt},
journal= {arXiv preprint arXiv:1304.4766},
year = {2013}
}
备注
2 pages,1 table