基于近似种子与多重回溯的快速灵敏读段比对
数据结构与算法
2012-08-22 v1
摘要
我们提出了 Masai，一款在读段比对速度与灵敏度方面均代表当前最先进水平（state of the art）的工具。该工具比 RazerS 3 和 mrFAST 快一个数量级，比 Bowtie 2 和 BWA 快 2--3 倍且更准确。我们读段比对器的创新之处在于采用近似种子进行过滤以及一种多重回溯方法。与精确种子相比，近似种子在保持灵敏度的同时提高了过滤特异性。多重回溯通过利用下一代测序数据的重复性，分摊了搜索大量种子的成本。这两种方法相结合，显著加速了基因组数据集上的近似搜索。Masai 使用 SeqAn 库以 C++ 实现。源代码根据 BSD 许可证分发，Linux、Mac OS X 和 Windows 的二进制文件可从 http://www.seqan.de/projects/masai 免费下载。
引用
@article{arxiv.1208.4238,
title = {Fast and sensitive read mapping with approximate seeds and multiple backtracking},
author = {Enrico Siragusa and David Weese and Knut Reinert},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.4238},
year = {2012}
}