腺苷酸激酶半原子模型构象转变的异质路径系综
生物物理
2010-02-25 v3
摘要
我们使用几种半原子蛋白质模型，对腺苷酸激酶进行了“加权系综”路径采样模拟。我们的研究既探讨了构象转变的生物物理学，也探讨了在不牺牲良好采样的情况下提高模型精度的可能性。从生物物理学角度看，路径系综显示出显著的异质性，并且在开放-闭合转变中存在两条主要路径的明确可能性。我们最近表明，在某些条件下，正向和反向转变之间存在预期的“异质性对称性”：采用特定路径/通道的转变比例在两个方向上相同。我们根据对称性关系及其条件分析了我们的路径系综。在建模领域，我们采用了全原子主链以及不同水平的残基相互作用。由于使用这些模型进行合理的路径采样仅需单处理器计算几周时间，因此增加进一步的化学细节应该是可行的。
引用
@article{arxiv.0910.1582,
title = {Heterogeneous path ensembles for conformational transitions in semi-atomistic models of adenylate kinase},
author = {Divesh Bhatt and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:0910.1582},
year = {2010}
}