异质性分析为双相障碍的遗传均质亚型提供证据
基因组学
2025-02-19 v2
摘要
双相障碍（Bipolar Disorder, BD）是一种复杂疾病，在表型和遗传水平上都具有异质性，尽管这种异质性的程度和影响尚未完全理解。本文利用近期在异质性分析方面的进展，寻找双相障碍表型内部由遗传驱动的子群（即双聚类）。我们首先将该协变量校正的双聚类算法应用于来自精神遗传联盟（PGC）中双相病研究网络（BDRN）的 2524 例 BD 患者和 4106 名对照组。我们发现，遗传异质性将划分出一个统计上显著的双聚类，包含一部分 BD 患者，这些患者在一部分 SNP 上表现出疾病特异性的差异表达模式。这种疾病特异性的遗传模式（即“遗传子群”）在 PGC收集的剩余数据集中得以复制，后者分别包含 5781/8289、3581/7591 和 6825/9752 例/名对照组。该遗传子群（在未使用任何 BD 亚型信息的情况下发现）在双相证据型 I 中患病率高于双相证据型 II。我们的 метод成功识别了双相障碍的可复制均质遗传子群。该子群可能代表一组相关的遗传风险因子，用于 BDI。通过研究该子群的双聚类信息多因素风险评分（PRS），我们发现双聚类所突出的疾病特异性模式可用于消除 GWAS 分析中的噪声并提高风险预测。这种改进在仅使用相对较小子集 SNP 时尤为显著，暗示更好的 SNP 复制率。虽然我们的主要焦点仅是分析疾病相关信号，但我们也识别出可复制的对照组相关异质性。
引用
@article{arxiv.2405.00159,
title = {Heterogeneity analysis provides evidence for a genetically homogeneous subtype of bipolar-disorder},
author = {Caroline C. McGrouther and Aaditya V. Rangan and Arianna Di Florio and Jeremy A. Elman and Nicholas J. Schork and John Kelsoe},
journal= {arXiv preprint arXiv:2405.00159},
year = {2025}
}