人类肠道微生物群的全局代谢互作网络，用于情境特异性群落尺度分析
分子网络
2017-06-07 v1 生物物理
种群与进化
摘要
一个复杂的微生物-微生物及宿主-微生物化学交互的系统级框架将有助于阐明肠道微生物群在健康与疾病中的作用。本文报道了一个基于文献整理的人类肠道微生物种间互作网络，命名为 NJS16。这是一个广泛的数据资源，由约 570 种微生物和 3 种人类细胞类型通过超过 4,400 个小分子转运和大分子降解事件进行代谢互作而构成。基于该网络的内容，我们开发了一种数学方法，用以揭示特定人群（如疾病队列）中肠道微生物群落的代表性微生物和代谢特征。将该策略应用于 2 型糖尿病患者的微生物组数据，揭示了肠道微生物生态系统的情境特异性基础设施、具有重大代谢影响的核心微生物实体，以及可能指示相关群落代谢过程的频繁产生的代谢化合物。我们的网络为人类肠道内群落尺度微生物活动的整合性研究奠定了基础。
引用
@article{arxiv.1706.01787,
title = {Global metabolic interaction network of the human gut microbiota for context-specific community-scale analysis},
author = {Jaeyun Sung and Seunghyeon Kim and Josephine Jill T. Cabatbat and Sungho Jang and Yong-Su Jin and Gyoo Yeol Jung and Nicholas Chia and Pan-Jun Kim},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.01787},
year = {2017}
}
备注
Supplementary material is available at the journal website