GeoThinneR：用于高效空间稀疏化物种分布和点数据的 R 软件包
种群与进化
2025-05-14 v1 应用统计
摘要
本文介绍GeoThinneR，一个用于高效灵活空间稀疏化物种分布数据的 R 软件包。空间稀疏化是物种分布建模（SDM）中广泛使用的预处理步骤，可帮助减少采样偏差，但现有 R 实现依赖低效算法，随数据规模呈指数增长。GeoThinneR实现了多种稀疏方法，包括确保点之间最小距离、基于网格的子采样以及基于十进制精度的过滤。为处理大规模数据集，GeoThinneR引入两种基于局部kd树和自适应邻居估计的优化算法，显著降低了内存使用和执行时间。除此之外，包括组内稀疏和点优先级等额外功能纳入，以便于其在SDM工作流程中的使用。我们使用模拟数据和真实数据进行性能基准测试，证明其在现有工具上的显著性能提升。
引用
@article{arxiv.2505.07867,
title = {GeoThinneR: An R Package for Efficient Spatial Thinning of Species Occurrences and Point Data},
author = {J. Mestre-Tomás},
journal= {arXiv preprint arXiv:2505.07867},
year = {2025}
}