生物序列比较的几何方面
定量方法
2009-04-17 v2
摘要
我们提出了一个通用框架，用于将生物序列之间的全局和局部相似性转换为拟度量。与以往的工作不同，我们的公式允许非对称距离，这种距离源于对字符串的不均匀加权，并可能在生物序列集合上诱导非平凡的偏序关系。此外，所考虑的 型距离比对应于 情形的传统广义字符串编辑距离更为通用，使得序列相似性能够转换为适用于更广泛评分方案的距离。我们的构建方法所需的空位罚分限制比常规使用的要宽松得多。文中提供了大量实例以阐明所引入的概念及其潜在应用。
引用
@article{arxiv.0710.2555,
title = {Geometric Aspects of Biological Sequence Comparison},
author = {Aleksandar Stojmirović and Yi-Kuo Yu},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.2555},
year = {2009}
}
备注
55 pages, 2 figures, 2 tables, plain LaTex format. Added additional references, removed Appendix B, changed abstract, minor changes in text