gen.parRep：广义并行副本动力学用于亚稳态生化系统长时间模拟的首次实现
化学物理
2019-01-29 v3 计算物理
摘要
亚稳态是进行长分子动力学模拟时遇到的主要障碍之一，为此已发展出许多方法。“并行副本”（ParRep）动力学以能够模拟材料科学界中亚稳态朗之万动力学的极长轨迹而著称，但其所依赖的假设很难转置到生化模拟领域。后来发展的“广义 ParRep”变体解决了这些问题，但迄今尚未应用于有意义的相关系统。在本文中，我们介绍程序 gen.parRep，即广义并行副本方法（BSD 3-Clause 许可证）的首个公开可用实现，面向经常遇到的亚稳态生化系统，例如构象平衡或蛋白质-配体复合物的解离。我们将展示该 C++ 实现表现出强劲的线性可扩展性，在数百个 CPU 上提供高达最大可能加速比的 70%。
引用
@article{arxiv.1807.02431,
title = {gen.parRep: a first implementation of the Generalized Parallel Replica dynamics for the long time simulation of metastable biochemical systems},
author = {Florent Hédin and Tony Lelièvre},
journal= {arXiv preprint arXiv:1807.02431},
year = {2019}
}
备注
Third version of the article. 37 pages (including references), 13 Figures, 3 Tables