从蛋白质相互作用到功能注释：疱疹病毒中的图比对
分子网络
2007-07-10 v1 定量方法
摘要
序列比对构成了基于系统发育比较进行功能注释的许多方法的基础，但在序列高度分歧和基因长度较短的“暮光”区域变得不可靠。在此，我们使用一种称为图比对的混合方法，对两种疱疹病毒（VZV 和 KSHV）进行了跨物种比较。该方法同时基于蛋白质相互作用网络的相似性和序列相似性。在我们的比对中，我们发现了一些开放阅读框，其相互作用相似性与低水平的序列相似性一致，从而证实了进化关系。此外，我们在没有任何可检测到的序列相似性的开放阅读框之间发现了高水平的相互作用相似性。由此比对得出的功能预测与基因组位置和基因表达数据一致。
引用
@article{arxiv.0707.1224,
title = {From Protein Interactions to Functional Annotation: Graph Alignment in Herpes},
author = {Michal Kolář and Michael Lässig and Johannes Berg},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.1224},
year = {2007}
}