从 FAIR 到 CURE：生物系统计算模型的指南
其他定量生物学
2025-02-24 v1
摘要
数据管理指南已建立在 FAIR 原则之上，要求数据可被发现、可访问、可互操作且可重用。在许多科学领域，尤其是计算生物学中，数据和模型都是推进进展的关键。鉴于模型是一种非常特殊的“数据”，我们认为计算模型，特别是医学、生理学和系统生物学中常见的机理模型，值得获得一套补充性的指南。我们提出 CURE 原则，强调模型应具备可信赖性、可理解性、可重复性和可扩展性。我们详述了每个原则，讨论了模型可信赖性中的验证、验证和不确定性量化；模型描述和注释的清晰性；遵循标准和开放科学实践以实现可重复性；以及使用开放标准和模块化代码以实现可扩展性和可重用性。我们概述了 CURE 每个方面的推荐要求和基本要求，旨在增强计算模型的影响力和可信度，尤其是在生物医学应用中，其中可信赖性至关重要。我们的观点强调了更规范化建模方法的必要性，与新兴趋势如数字孪生体相吻合，强调数据和建模标准对互操作性和可重用性的重要性。最后，我们强调鉴于实施指南所需的不 trivial 工作量，社区应尽可能自动化这些指南。
引用
@article{arxiv.2502.15597,
title = {From FAIR to CURE: Guidelines for Computational Models of Biological Systems},
author = {Herbert M. Sauro and Eran Agmon and Michael L. Blinov and John H. Gennari and Joe Hellerstein and Adel Heydarabadipour and Peter Hunter and Bartholomew E. Jardine and Elebeoba May and David P. Nickerson and Lucian P. Smith and Gary D Bader and Frank Bergmann and Patrick M. Boyle and Andreas Drager and James R. Faeder and Song Feng and Juliana Freire and Fabian Frohlich and James A. Glazier and Thomas E. Gorochowski and Tomas Helikar and Stefan Hoops and Princess Imoukhuede and Sarah M. Keating and Matthias Konig and Reinhard Laubenbacher and Leslie M. Loew and Carlos F. Lopez and William W. Lytton and Andrew McCulloch and Pedro Mendes and Chris J. Myers and Jerry G. Myers and Lealem Mulugeta and Anna Niarakis and David D. van Niekerk and Brett G. Olivier and Alexander A. Patrie and Ellen M. Quardokus and Nicole Radde and Johann M. Rohwer and Sven Sahle and James C. Schaff and T. J. Sego and Janis Shin and Jacky L. Snoep and Rajanikanth Vadigepalli and H. Steve Wiley and Dagmar Waltemath and Ion Moraru},
journal= {arXiv preprint arXiv:2502.15597},
year = {2025}
}