基于绝热重加权的自适应分子动力学模拟自由能计算
统计力学
2014-04-08 v2
摘要
我们提出了一种绝热重加权算法，用于从自适应分子动力学模拟中计算沿外部参数的自由能。该自适应偏置利用 Bayes 恒等式和所有采样构型的信息进行估计。我们将该算法应用于团簇的结构转变以及晶体缺陷沿反应坐标的迁移。与标准自适应分子动力学相比，我们观察到了收敛加速。借助该算法，还可以迭代构建沿反应坐标的自由能，而无需对反应坐标的梯度或任何偏置势进行微分。
引用
@article{arxiv.1310.1300,
title = {Free energy calculations from adaptive molecular dynamics simulations with adiabatic reweighting},
author = {Lingling Cao and Gabriel Stoltz and Tony Lelièvre and Mihai-Cosmin Marinica and Manuel Athènes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1310.1300},
year = {2014}
}
备注
5 pages, 4 figures