针对序列集的快速特定片段检测
数据结构与算法
2023-04-07 v2 形式语言与自动机理论
摘要
我们设计了无比对技术，用于将称为靶标的一个序列或单词与称为参考的一组单词进行比较。靶标 相对于参考 的靶标特定因子，是 中某个单词的因子 ，它既不是 中某个单词的因子，且 的任意真因子都是 中某个单词的因子。我们首先处理计算靶标 相对于参考 的靶标特定因子集合的问题，其中 和 均为有限序列集。结果是构造了一个接受所有所考虑靶标特定因子集合的自动机。该构造算法根据 的规模在线性时间内运行。第二个结果是设计了一种算法，用于计算单个序列 中相对于参考 的其靶标特定因子的所有出现位置。该算法在靶标序列上以实时运行，与靶标特定因子的出现次数无关。
引用
@article{arxiv.2208.03451,
title = {Fast detection of specific fragments against a set of sequences},
author = {Marie-Pierre Béal and Maxime Crochemore},
journal= {arXiv preprint arXiv:2208.03451},
year = {2023}
}