系统生物学中输入 - 输出 FHMM 模型的分解期望传播
机器学习
2013-05-20 v1
摘要
我们考虑系统生物学应用中代谢信号与基因表达的联合建模问题。我们提出了一种基于输入 - 输出分解隐马尔可夫模型（factorial hidden Markov models）的方法，并提出了一种结构化变分推断方法来推断模型的结构和状态。我们从经典的自由形式结构化变分平均场方法出发，使用期望传播来近似变分循环中所需的期望值。我们表明这对应于一种分解期望约束近似推断。我们通过广泛的模拟验证了我们的模型，并展示了其在真实世界细菌数据集上的适用性。
引用
@article{arxiv.1305.4153,
title = {Factored expectation propagation for input-output FHMM models in systems biology},
author = {Botond Cseke and Guido Sanguinetti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.4153},
year = {2013}
}