DNA结合蛋白的促进扩散:过量碰撞方法(MEC)的高效模拟
生物物理
2009-11-11 v1
摘要
本文推导了一种高效模拟扩散控制的二级化学反应的新方法,并将其应用于位点特异性DNA结合蛋白。蛋白质进入球形细胞,并通过两种竞争模式(自由扩散和DNA滑动模式)传播,以寻找其在细胞中心的特异性结合位点。无需直接模拟该过程。相反,一种替代且精确的方法被证明在本质上比显式随机游走模拟更快。这种新型模拟技术的加速效果随系统尺寸迅速增长。
引用
@article{arxiv.physics/0510146,
title = {Facilitated diffusion of DNA-binding proteins: Efficient simulation with the method of excess collisions (MEC)},
author = {Holger Merlitz and Konstantin V. Klenin and Chen-Xu Wu and Jörg Langowski},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0510146},
year = {2009}
}
备注
7 pages, 2 figures