扩展生物序列的递归Jensen-Shannon分割
基因组学
2009-04-17 v1
摘要
在本文中，我们扩展了先前开发的用于生物序列的递归熵分割方案。我们不再使用伯努利链，而是将生物序列中的统计平稳段建模为马尔可夫链，并定义了一种广义的Jensen-Shannon散度来区分两个马尔可夫链。然后我们进行平均场分析，基于此识别了递归Jensen-Shannon分割方案相关的陷阱。随后，我们解释了分割优化的必要性，并描述了两种局部优化方案，用于改进在每个递归阶段发现的畴壁位置。我们还开发了一种新的递归Jensen-Shannon分割终止准则，该准则基于统计波动强度直至最小统计可靠段长度，避免了对目标序列不切实际的零模型和备择模型的需求。最后，我们通过递归分割大肠杆菌K-12 MG1655基因组，将扩展方案与原始方案进行了比较。
引用
@article{arxiv.0904.2466,
title = {Extending the Recursive Jensen-Shannon Segmentation of Biological Sequences},
author = {Siew-Ann Cheong and Paul Stodghill and David J. Schneider and Samuel W. Cartinhour and Christopher R. Myers},
journal= {arXiv preprint arXiv:0904.2466},
year = {2009}
}
备注
IEEEtran class, 30 pages, 7 figures