利用库蒙特卡洛模拟扩展基于片段的自由能计算：相互作用空间中的退火
定量方法
2018-12-26 v2 生物物理
计算物理
生物大分子
摘要
预计算的分子片段构型库先前已被用作平衡采样（通过“基于库的蒙特卡洛”）和利用聚合物生长形式获得绝对自由能的基础。在这里，我们结合这两种方法，以扩展可计算自由能的系统规模。我们研究了一系列全原子多聚丙氨酸系统（在简单的介电“溶剂”中），发现可以快速获得精确的自由能。例如，对于12个残基，单处理器所需时间不到一小时。这种组合方法在形式上等价于“退火重要性采样”算法；然而，不是通过降低温度进行退火，而是随着分子“生长”逐渐添加片段间的相互作用。我们讨论了未来结合亲和力计算（其中配体生长到结合位点中）的意义。
引用
@article{arxiv.1006.4111,
title = {Extending fragment-based free energy calculations with library Monte Carlo simulation: Annealing in interaction space},
author = {Steven Lettieri and Artem B. Mamonov and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1006.4111},
year = {2018}
}