利用 EST 分析探索热带爪蟾胚胎发生和变态过程中的神经系统转录组
基因组学
2007-07-05 v1 定量方法
摘要
热带爪蟾（Xenopus tropicalis）是一种作为脊椎动物比较基因组学模型的无尾两栖动物物种。它提供了与非洲爪蟾（Xenopus laevis）相同的优势，但是是二倍体且拥有更小的 1.7 Gbp 基因组。因此，热带爪蟾更易于进行系统的转录组调查。我们启动了一项大规模部分 cDNA 测序项目，旨在提供关于热带爪蟾早期胚胎发生和变态过程中神经系统表达基因的功能基因组学资源。在收集了超过 48,785 条高质量序列后，定义并分析了一个基因索引。部分 cDNA 序列来自胚胎头部和视网膜文库（30,272 条序列）以及变态期脑和脊髓文库（27,602 条序列）。据估计，这些 EST 代表了源自约 6,000 个基因的 9,693 个转录本。估计有 46% 的这些 cDNA 序列包含其起始密码子。进一步的注释包括基因本体（Gene Ontology）功能分类、InterPro 结构域分析、可变剪接和非编码 RNA 鉴定。基因表达谱源自 EST 计数，用于定义变态发育阶段特有的转录本。此外，这些 EST 使得鉴定出一组 225 个多态性微卫星成为可能，可用作遗传标记。这些 cDNA 序列允许对众多基因进行计算机克隆，并将有助于旨在破译神经发育和变态过程中神经系统表达的同源基因功能的研究。为研究热带爪蟾生物学而开发的基因组资源将加速对两栖动物生理学和遗传学的探索。
引用
@article{arxiv.0707.0567,
title = {Exploring nervous system transcriptomes during embryogenesis and metamorphosis in Xenopus tropicalis using EST analysis},
author = {Ana C Fierro and Raphaël Thuret and Laurent Coen and Muriel Perron and Barbara A Demeneix and Maurice Wegnez and Gabor Gyapay and Jean Weissenbach and Patrick Wincker and André Mazabraud and Nicolas Pollet},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.0567},
year = {2007}
}