随机转座子诱变文库中必需基因数量的估计

生物学家使用随机转座子诱变来构建细菌的敲除文库。与标准的定点诱变相比，随机诱变具有成本和效率优势，但不再能确保所有非必需基因都会出现在文库中。对于单倍体生物的随机文库，总有一类基因未制备出敲除克隆，该类中的成员或是必需的或非必需的。需要统计方法来估计必需基因的数量。两组研究人员Blades和Broman以及Jacobs等人独立且同时开发了实现此目的的方法。Blades和Broman使用了Gibbs采样器，Jacobs等人使用了参数自助法。我们比较了这两种方法的性能，发现它们都依赖于具有准确的转座子插入概率模型或具有大量克隆的文库。目前，我们还没有足够好的概率模型，因此必须构建每个开放阅读框至少有五个克隆的文库，以准确估计必需基因的数量。