叶绿体基因组的八簇结构不同于细菌中观察到的类似结构
基因组学
2018-02-09 v1
摘要
此前，有研究报道了声称在细菌基因组中具有普适性的七簇模式。考虑到最流行的叶绿体起源学说，我们检验了叶绿体基因组中是否观察到类似模式。令人惊讶的是，在叶绿体中发现了八簇结构。叶绿体中所观察到的模式与细菌的模式以及后来在蓝细菌中观察到的模式均有显著差异。该结构通过对基因组内等长度片段进行聚类得到，每个片段被转换为以非重叠三联体且无框架平铺间隙的三联体频率字典。63 维空间中的点通过弹性映射技术进行聚类。在叶绿体中发现的八簇包含携带 tRNA 基因且相较于整个基因组表现出过高 含量的基因组片段。
引用
@article{arxiv.1802.02962,
title = {Eight-cluster structure of chloroplast genomes differs from similar one observed for bacteria},
author = {Michael Sadovsky and Maria Senashova and Andrew Malyshev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1802.02962},
year = {2018}
}