树的高效四元组表示及其在超树与汇总方法中的应用
种群与进化
2016-12-07 v3
摘要
由较大系统发育树所展示的四元组树长期以来被用作物种树和超树重建的输入。由于分类群数量众多，计算限制使得在许多实际问题中无法使用所有展示的四元组。我们引入高效四元组系统(EQS)的概念，利用树所展示的四元组的子集来表示系统发育树。我们从数学上证明，通过EQS从树获得的四元组集合包含了树本身的所有组合信息。通过在模拟数据集上的性能测试，我们还证明，在物种树推断和超树推断的汇总方法流程中使用EQS减少四元组数量仅导致准确性的微小降低。
引用
@article{arxiv.1512.05302,
title = {Efficient Quartet Representations of Trees and Applications to Supertree and Summary Methods},
author = {Ruth Davidson and MaLyn Lawhorn and Joseph Rusinko and Noah Weber},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.05302},
year = {2016}
}
备注
7 pages, minor revision