DuctApe：用于基因组和 OmnilogTM 表型微阵列数据分析与关联的套件
基因组学
2013-12-16 v3 分子网络
摘要
解析基因组的功能是当今生物学最重要且最具挑战性的任务之一。特别是将基因型与相应表型联系起来的能力，对于代谢途径的重构和生物技术操作具有重要意义。在过去几年中，OmniLogTM 表型微阵列（PM）技术已被用于解决许多与微生物代谢功能相关的具体问题。然而，能够直接将 PM 数据与感兴趣基因联系起来，随后提取基因 - 表型关联信息的计算工具仍然缺失。在此，我们推出 DuctApe，这是一个允许分析基因组序列和 PM 数据的套件，旨在发现 PM 实验之间的代谢差异，并将这些差异与 KEGG 通路及基因存在/缺失模式进行关联。作为示例，我们展示了该程序在四个细菌数据集上的应用。源代码和教程可在 http://combogenomics.github.io/DuctApe/ 获取。
引用
@article{arxiv.1307.4276,
title = {DuctApe: a suite for the analysis and correlation of genomic and OmnilogTM Phenotype Microarray data},
author = {Marco Galardini and Alessio Mengoni and Emanuele G. Biondi and Roberto Semeraro and Alessandro Florio and Marco Bazzicalupo and Anna Benedetti and Stefano Mocali},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.4276},
year = {2013}
}