区分趋同演化与分子钟违背

我们给出了收敛-分歧模型的非技术性介绍，这是一种用于系统发育数据的新建模方法，它允许物种在物种形成后通常的分歧，但也允许物种收敛，即随时间变得更相似。通过较详细地考察 $3$-分类群情况，我们说明系统发育学家一直被“宠坏”了，因为他们凭借进化是树状这一强假设而不必思考模型中的结构参数。我们表明，并不总是有充分的统计学理由偏好通常的树状模型类而非更一般的收敛-分歧模型。具体而言，我们展示许多 $3$-分类群数据集同样可以很好地通过假设分子钟违背（由于沿不同分支的进化速率变化）来解释，或者通过保持恒定进化速率的假设但转而假设进化并非纯粹的分歧过程来解释。鉴于大量证据表明进化并非严格树状，我们的讨论说明作为系统发育学家，我们常常需要清晰思考所用模型的结构形式。