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基于双链 DNA 循环电磁模拟的氢键磁反应基因调控系统的开发

其他定量生物学 2024-07-02 v2

摘要

质子磁反应常用于磁场强度超过 1 T 的 MRI 机器,而本研究假设在低于 0.01 T 的低磁场下,氢的电子磁反应可影响双链 DNA (dsDNA) 的氢键。目标是开发一种基于氢键磁反应的基因调控 (HBMR-GR) 系统。DNA 碱基对的极性源于嘌呤和嘧啶之间的相对静电荷,前者带正电,后者带负电。与相应的 Puy dsDNA 相比,具有嘧啶 - 嘌呤序列的 Pyu dsDNA(ds3T3A、ds3C3G 和 ds3C3A)显示出更强的 DNA 杂交潜力、在 3400-3200 cm-1 处增强的红外吸收,以及在 HPLC 分析中独特的 DNA 构象。为了基于 DNA 碱基对极性靶向 dsDNA 的三维结构,可使用循环电磁 DNA 模拟 (CEDS),其对随机取向的 dsDNA 效率约为 25%。研究发现,CEDS 能在 0.005M NaCl 溶液中诱导靶标寡聚 dsDNA 的序列特异性杂交,并在 0.1M NaCl 溶液中诱导寡聚 dsDNA 的序列特异性构象。研究还发现,与 Puy 寡聚 dsDNA 相比,Pyu 寡聚 dsDNA 对 CEDS 引起的杂交和构象变化更为敏感。结合测定显示,CEDS 降低了溴化乙锭 (EtBr) 的 DNA 嵌入和亚精胺的 DNA 凝聚,且取决于 CEDS 作用时间。结果还表明,Pyu 寡聚 dsDNA 通过形成稳定且独特的寡聚 dsDNA 构象,比 Puy 寡聚 dsDNA 更易受 CEDS 影响。因此,推测低水平的基于 HBMR 的 CEDS 可增强寡聚 dsDNA 的杂交潜力,进而引发各种 DNA 功能所需的独特 DNA 构象。

关键词

引用

@article{arxiv.1210.7091,
  title  = {Development of Hydrogen Bonding Magnetic Reaction-based Gene Regulation through Cyclic Electromagnetic DNA Simulation in Double-Stranded DNA},
  author = {Yeon Sook Kim and Dae Gwan Lee and Suk Keun Lee},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1210.7091},
  year   = {2024}
}

备注

Please, find two manuscripts "Development of Hydrogen Bonding Magnetic Reaction-based Gene Regulation through Cyclic Electromagnetic DNA Simulation in Double-Stranded DNA" and "Application of Cyclic Electromagnetic DNA Simulation to Target Oncogenesis-related miRNAs and DNA Motifs: Changes of Protein Signaling Pathway System in RAW 264.7 Cells"