DeeDeeExperiment：构建用于整合和管理 R/Bioconductor 中基因组学数据分析结果的基础设施
基因组学
2026-03-10 v2
摘要
摘要：现代基因组学实验涉及多个条件和复杂设计，产生日益庞大的差异表达和功能富集分析结果。然而，目前尚不存在标准化的数据结构来存储和上下文化这些结果及其元数据，导致研究人员面临难以管理和可能不可重复的大量结果集合，这些结果在导航和/或共享方面都十分困难。本文介绍了 DeeDeeExperiment，这是一个用于管理和存储基因组学数据分析结果的新型 S4 类，实现于 Bioconductor 生态系统中，旨在促进互操作性、可重复性和良好文档的编写。该类通过引入专门用于差异表达 (DEA) 和功能富集分析 (FEA) 结果的槽位，扩展了广泛使用的 SingleCellExperiment 对象，允许用户在单个数据对象中组织、存储和检索多个对比及其关联元数据，从而最终简化了大量基因组学数据集的管理和解释。可获得性与实现：DeeDeeExperiment 已在 MIT 许可证下提供于 Bioconductor（https://bioconductor.org/packages/DeeDeeExperiment），其开发版本也可在 Github上获取（https://github.com/imbeimainz/DeeDeeExperiment）。
关键词
引用
@article{arxiv.2512.05731,
title = {DeeDeeExperiment: Building an infrastructure for integrating and managing omics data analysis results in R/Bioconductor},
author = {Najla Abassi and Lea Schwarz and Edoardo Filippi and Federico Marini},
journal= {arXiv preprint arXiv:2512.05731},
year = {2026}
}
备注
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