基于轴向向量的异手性蛋白-肽相互作用设计中的跨手性泛化
生物大分子
2026-05-29 v2 机器学习
摘要
针对L-蛋白的D-肽结合器具有巨大的治疗潜力。尽管机器学习在基于目标的肽设计方面取得了快速进展，但生成D-肽结合器的工作仍属未探索领域。本工作我们证明，通过向等变（极）向量特征注入轴向特征，可实现从同手性（L--L）训练数据到异手性（D--L）设计任务之间的跨手性泛化。通过在潜在扩散模型中实现此方法，我们实现了D-肽结合器的设计，不仅在\textit{in silico}基准测试中优于现有工具，而且在实验室验证中展现出有效性。鉴于我们的方法代表了首个针对\textit{de novo}设计D-肽结合器的实验室验证的生成式AI，我们为处理蛋白设计中的手性问题提供了新视角。代码已公开于https://github.com/YZY010418/PepMirror。
引用
@article{arxiv.2602.20176,
title = {Cross-Chirality Generalization by Axial Vectors for Hetero-Chiral Protein-Peptide Interaction Design},
author = {Ziyi Yang and Zitong Tian and Yinjun Jia and Tianyi Zhang and Jiqing Zheng and Hao Wang and Yubu Su and Juncai He and Lei Liu and Yanyan Lan},
journal= {arXiv preprint arXiv:2602.20176},
year = {2026}
}
备注
This version (v2) includes minor edits. The paper has been accepted to ICML 2026. Codes are available at https://github.com/YZY010418/PepMirror