生化约束模型的构建与分析：COBRA 工具箱 v3.0
定量方法
2018-02-26 v2
摘要
基于约束的重建与分析(COBRA)提供了一个分子机制框架，用于对实验数据进行整合分析，并对物理化学和生化上可行的表型状态进行定量预测。COBRA 工具箱是一套由可互操作的 COBRA 方法组成的综合软件套件。它在生物学、生物医学和生物技术中得到了广泛应用，因为其功能可以灵活组合，为任何生化网络实施定制的 COBRA 方案。3.0 版本包含了用于质量控制重建、建模、拓扑分析、菌株与实验设计、网络可视化以及化学信息学、代谢组学、转录组学、蛋白质组学和热化学数据网络整合的新方法。新的多语言代码集成还通过分别用于多尺度、多细胞和反应动力学建模的高精度、高性能和非线性数值优化求解器，扩展了 COBRA 的应用范围。该方案可适用于在各种分子系统生物学场景中生成和分析基于约束的模型。本方案是对 COBRA 工具箱 1.0 和 2.0 的更新。COBRA 工具箱 3.0 提供了无与伦比的深度的基于约束的重建与分析方法。
引用
@article{arxiv.1710.04038,
title = {Creation and analysis of biochemical constraint-based models: the COBRA Toolbox v3.0},
author = {Laurent Heirendt and Sylvain Arreckx and Thomas Pfau and Sebastián N. Mendoza and Anne Richelle and Almut Heinken and Hulda S. Haraldsdóttir and Jacek Wachowiak and Sarah M. Keating and Vanja Vlasov and Stefania Magnusdóttir and Chiam Yu Ng and German Preciat and Alise Žagare and Siu H. J. Chan and Maike K. Aurich and Catherine M. Clancy and Jennifer Modamio and John T. Sauls and Alberto Noronha and Aarash Bordbar and Benjamin Cousins and Diana C. El Assal and Luis V. Valcarcel and Iñigo Apaolaza and Susan Ghaderi and Masoud Ahookhosh and Marouen Ben Guebila and Andrejs Kostromins and Nicolas Sompairac and Hoai M. Le and Ding Ma and Yuekai Sun and Lin Wang and James T. Yurkovich and Miguel A. P. Oliveira and Phan T. Vuong and Lemmer P. El Assal and Inna Kuperstein and Andrei Zinovyev and H. Scott Hinton and William A. Bryant and Francisco J. Aragón Artacho and Francisco J. Planes and Egils Stalidzans and Alejandro Maass and Santosh Vempala and Michael Hucka and Michael A. Saunders and Costas D. Maranas and Nathan E. Lewis and Thomas Sauter and Bernhard Ø. Palsson and Ines Thiele and Ronan M. T. Fleming},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.04038},
year = {2018}
}