CplexA：用于研究大分子组装控制基因表达的Mathematica软件包

J. M. G. Vilar; L. Saiz

doi:10.1093/bioinformatics/btq328

CplexA：用于研究大分子组装控制基因表达的Mathematica软件包

定量方法 2013-01-08 v3 统计力学计算工程、金融与科学生物物理分子网络

作者: J. M. G. Vilar , L. Saiz

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摘要

摘要：大分子组装调节着基本的细胞过程，如基因调控和信号转导。传统计算方法研究这些过程的一个主要挑战是，构型状态的数量随组分数量呈指数增长。CplexA是一个Mathematica软件包，它使用函数式编程，根据相互作用的能量学，在如此指数级大的状态空间上高效计算概率和平均性质。该软件包特别适用于研究由多个局部和远端DNA转录因子结合位点控制的复杂启动子处的基因表达。可用性：CplexA及其文档可在http://sourceforge.net/projects/cplexa/免费获取。

关键词

大分子组装基因表达 Mathematica软件包函数式编程转录因子结合位点构型状态

引用

@article{arxiv.1011.1212,
  title  = {CplexA: a Mathematica package to study macromolecular-assembly control of gene expression},
  author = {J. M. G. Vilar and L. Saiz},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1011.1212},
  year   = {2013}
}

备注

28 pages. Includes Mathematica, Matlab, and Python implementation tutorials. Software can be downloaded at http://cplexa.sourceforge.net/

CplexA：用于研究大分子组装控制基因表达的Mathematica软件包

摘要

关键词

引用

备注

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