氨基酸与二级结构类型的相关性：与氨基酸结构的联系
生物大分子
2007-05-23 v1
摘要
利用蛋白质数据银行中具有已知结构的蛋白质，分析了初级与二级结构的相关性。计算了在-25至25距离范围内，氨基酸类型与八种二级结构类型在远端位置的相关性值。图示形状表明，在某些距离上氨基酸的极性和氢键能力与二级结构有关。大多数氨基酸对特定二级结构类型的明显偏好将氨基酸分为四类：α-螺旋偏爱者、 strand 偏爱者、转角与弯曲偏爱者以及其他类。第四类由 His 和 Cis 组成，它们对任何二级结构均无明确偏好。同一组中的氨基酸具有相似的物理化学性质和相同的结构特征。结果表明，氨基酸对二级结构的偏好基于其 Cb 和 Cg 原子的结构特征。α-螺旋偏爱者的 Cb 和 Cg 原子上无极性杂原子，Cb 原子上也无分支或芳香基团。Cb 原子上具有芳香基团或分支的氨基酸为 strand 偏爱者。转角与弯曲偏爱者在 Cb 或 Cg 原子上具有极性杂原子，或根本不具有 Cb 原子。我们的结果表明，极性和氢键能力在某些距离上影响二级结构，且氨基酸对二级结构的偏好是由 Cb 或 Cg 原子的结构性质引起的。
引用
@article{arxiv.q-bio/0505046,
title = {Correlations of Amino Acids with Secondary Structure Types: Connection with Amino Acid Structure},
author = {Sasa Malkov and Miodrag V. Zivkovic and Milos V. Beljanski and Snezana D. Zaric},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0505046},
year = {2007}
}
备注
13 pages, 4 figures, 1 table