当非期望变异与感兴趣因子均未观测到时对基因表达数据的校正
应用统计
2012-11-20 v1 基因组学
统计方法学
摘要
在处理大规模基因表达研究时，观测数据常受到平台或批次等非期望变异因素的污染。若在数据分析中未考虑这些非期望变异，可能导致虚假关联并遗漏重要信号。当分析是无监督的（例如目标是聚类样本或构建校正后的数据集），而非研究已观测的感兴趣因子时，考虑非期望变异可能成为一项艰巨任务。非期望变异因子可能与未观测的感兴趣因子相关，因此若处理不当，校正前者可能会消除后者。我们展示了如何利用负对照基因和重复样本来估计基因表达中的非期望变异，并讨论了如何利用这些信息校正表达数据或构建用于无监督问题的估计量。所提出的方法在三个基因表达数据集上进行了评估。它们通常能够在不丢失感兴趣信号的情况下去除非期望变异，且与最先进的校正方法相比表现更优。
引用
@article{arxiv.1211.4259,
title = {Correcting gene expression data when neither the unwanted variation nor the factor of interest are observed},
author = {Laurent Jacob and Johann Gagnon-Bartsch and Terence P. Speed},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.4259},
year = {2012}
}