copMEM：通过双基因组采样寻找最大精确匹配
数据结构与算法
2018-05-24 v1 基因组学
摘要
基因组间比较需要指定锚点，这些锚点由它们序列之间的最大精确匹配（MEMs）给出。对于大型基因组，这是一个具有挑战性的问题，现有方案的性能，即便在并行模式下，也不尽如人意。我们提出了一种新算法 copMEM，它允许以互素的采样步长对两个输入基因组进行稀疏采样。尽管是单线程实现，copMEM 在不到 2 分钟的时间内、使用不到 10 GB RAM 内存，计算出了人类与小鼠基因组之间长度不小于 100 的所有 MEMs。
引用
@article{arxiv.1805.08816,
title = {copMEM: Finding maximal exact matches via sampling both genomes},
author = {Szymon Grabowski and Wojciech Bieniecki},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.08816},
year = {2018}
}
备注
The source code of copMEM is freely available at https://github.com/wbieniec/copmem. Contact: [email protected], [email protected]