MONI 的增强阈值
数据结构与算法
2022-11-16 v1
摘要
MONI（Rossi 等人，2022）能以小空间存储泛基因组数据集 T，随后给定模式 P 可快速找到相对于 T 的最大精确匹配（MEMs）。本文考虑其单遍版本（Boucher 等人，2021），在我们的实验中其查询时间由最长公共扩展（LCE）查询主导。我们展示了一个微小修改如何让我们避免大多数此类查询，从而在实践中显著加速 MONI，同时仅略微增加其空间占用。
引用
@article{arxiv.2211.07794,
title = {Augmented Thresholds for MONI},
author = {César Martínez-Guardiola and Nathaniel K. Brown and Fernando Silva-Coira and Dominik Köppl and Travis Gagie and Susana Ladra},
journal= {arXiv preprint arXiv:2211.07794},
year = {2022}
}
备注
10 pages, 2 figures, preprint