使用iNA计算超越线性噪声近似的生化通路涨落
定量方法
2013-01-16 v2 计算工程、金融与科学
分子网络
摘要
线性噪声近似通常用于获取生化网络的内禀噪声统计。这些估计对于具有大量分子的网络是准确的。然而众所周知，许多生化网络的特征是至少有一种分子的数量很少。我们在此描述intrinsic Noise Analyzer (iNA) 0.3版，该软件允许在广泛的分子数量范围内精确计算噪声统计。这是通过计算线性噪声近似对浓度涨落的方差和协方差估计的下一阶修正来实现的。通过使用LLVM框架进行自动即时编译，这些方法的效率得到了显著提高，从而使得涨落分析的表现通常优于通过精确随机模拟获得的结果。因此，iNA特别适合计算生物学界的需求。
引用
@article{arxiv.1207.1631,
title = {Computation of biochemical pathway fluctuations beyond the linear noise approximation using iNA},
author = {Philipp Thomas and Hannes Matuschek and Ramon Grima},
journal= {arXiv preprint arXiv:1207.1631},
year = {2013}
}
备注
5 pages, 2 figures, conference proceeding IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) 2012