比较经典通路与现代网络：迈向边本体论的发展

通路是系统生物学的组成部分。其经典表示已被证明是有用的，但在赋予每个箭头（或边）的含义上不一致，且无意中暗示了一个通路与另一个通路的隔离。相反，现代高通量实验产生了促进拓扑计算的标准网络。结合这些观点，我们可以将经典通路嵌入大规模网络中，从而证明它们之间的串扰。随着更多种类的高通量数据变得可用，我们可以有效地合并这两种观点，将通路同时嵌入多个网络中。然而，最初的问题仍然存在——当前的边表示不足以准确传达通路中的所有信息。因此，我们建议需要一个标准化的、定义明确的边本体论，并在此提出一个原型，作为实现这一目标的起点。