结合天然无序蛋白预测因子以检测通用数据集中有序与无序之间的过渡区
生物大分子
2016-09-08 v2 基因组学
摘要
天然无序蛋白缺乏明确的三维结构，但具有重要的生物学功能，这提示需要重新审视结构-功能范式。许多蛋白质的氨基酸组成与折叠和未折叠状态均兼容，属于有序与无序之间的过渡区。这使得将蛋白质序列二分法分类为折叠和天然无序变得困难。在这篇方法论论文中，考虑了二分法折叠指数：疏水性-电荷、平均堆积、平均配对能量、Poodle-W以及一个新的全局指数，这里称为gVSL2，它基于局部无序预测因子VSL2。这些指数在不同数据集上的性能进行了评估。Poodle-W、gVSL2和平均配对能量在所有考虑的数据集中均表现出良好的性能和稳定性，并被组合成一个严格一致的组合分数SSU，当所有组合指数未达成共识时，该分数将蛋白质保留为未分类。未分类的蛋白质：i) 属于由折叠和未折叠蛋白质占据的氨基酸组成向量空间中的重叠区域；ii) 由大致相同数量的有序促进氨基酸和无序促进氨基酸组成；iii) 具有介于折叠和未折叠蛋白质之间的平均柔性。这些蛋白质合理地具有介于折叠和天然无序蛋白质之间的物理性质，其结构特性和进化历史值得研究。
引用
@article{arxiv.0910.2903,
title = {Combining predictors of natively unfolded proteins to detect a twilight zone between order and disorder in generic datasets},
author = {Antonio Deiana and Andrea Giansanti},
journal= {arXiv preprint arXiv:0910.2903},
year = {2016}
}
备注
The title has been changed to make more clear the content of the paper, and some previously misprinted formulas have been fixed. A slightly different version of this manuscript has been submitted to BMC Bioinformatics