蛋白质序列设计与大正则模型中景观分析的组合工具箱
计算工程、金融与科学
2007-05-23 v1 计算复杂性
生物大分子
摘要
在现代生物学中，理解蛋白质序列如何折叠成其原始三维结构是一个重要的研究问题。为了在更高层次上研究此问题，人们希望分析蛋白质景观，即所有蛋白质序列及其原始三维结构结构空间的结构。或许最基本的计算问题是在该层次上是取一个目标三维结构作为输入，并设计一个相对于目标三维结构的一个或多个适应函数的最优蛋白质序列。我们开发了一个用于大正则模型中蛋白质景观分析的组合工具箱。该工具箱基于线性规划、网络流以及网络所有最小割的线性大小表示。它不仅大大扩展了 Kleinberg 的经典工作中用于蛋白质序列设计的网络流技术，而且也适用于 Kleinberg 所考虑的相当更广泛的计算问题集合。我们使用该工具箱获得了多个高效算法和硬度结果。我们进一步使用这些算法来分析来自蛋白质数据组织的三维结构，并发现了一些关于此类原始三维结构与大正则模型之间的 novel 关系。
引用
@article{arxiv.cs/0101015,
title = {Combinatorial Toolbox for Protein Sequence Design and Landscape Analysis in the Grand Canonical Model},
author = {James Aspnes and Julia Hartling and Ming-Yang Kao and Junhyong Kim and Gauri Shah},
journal= {arXiv preprint arXiv:cs/0101015},
year = {2007}
}