关于邻接连接偏倚的组合与计算研究
组合数学
2020-09-18 v3 计算几何
神经与进化计算
摘要
邻接连接（Neighbor-Joining）算法是一种流行的基于距离的系统发育方法，它从生物数据产生的相异度图中计算树度量。将相异度图视为欧氏空间中的点，该算法将输入空间划分为由所返回树的组合类型索引的多面体区域。这些区域的完整组合描述尚未找到；不同的邻接连接聚合事件序列可产生相同的组合树，从而将多个几何区域关联到同一算法输出。我们通过定义树上的聚合顺序解决了这一混淆，从而建立了输出空间的不同区域与加权 Motzkin 路径之间的双射。据此，我们给出了仅依赖于分类单元数量的多项式区域数量的公式。我们以这些多面体区域的计算比较作结，以揭示该算法任何实现中引入的偏倚。
引用
@article{arxiv.2007.09345,
title = {Combinatorial and computational investigations of Neighbor-Joining bias},
author = {Ruth Davidson and Abraham Martin del Campo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2007.09345},
year = {2020}
}
备注
18 pages, 11 figures